Президент России Владимир Путин рассказал, что Михаил Ходорковский в своем письме косвенно признал свою вину. "Он косвенно признался (в вину - ред.), в письме, адресованном мне, фактически признал и просил досрочного освобождения, объясняя это болезнью и скорой смертью матери. Я согласился на это и подписал помилование, чтобы он мог быть рядом с мамой", — заявил Путин во время заседания Совета по развитию гражданского общества и правам человека.
В 2005 году Михаила Ходорковского и Платона Лебедева, совладельцев компании ЮКОС, признали виновными по шести статьям Уголовного кодекса РФ, включая мошенничество, хищение государственных средств, присвоение крупных объемов ценного сырья — апатитового концентрата, неоднократное неисполнение решений арбитражных судов и уклонение от уплаты налогов с физических и юридических лиц. Каждый из них получил наказание в виде девяти лет лишения свободы, позже срок был сокращён до восьми лет.
Приказ о помиловании Ходорковского был издан президентом России.